Het begijnhof dateert waarschijnlijk uit 1340. Volgens de legende werd het begijnhof gesticht in 1372 door Maria van Brabant toen zij droomde dat er in de tuin van het kasteel begijntjes uit de hemel neerdaalden. Toen ze de volgende ochtend de plek bezocht, vond ze een kruis met een purperen touw rond. Maria van Brabant liet op de vindplaats een kerk bouwen -deze kerk werd later afgebroken, de fundamenten zijn nog steeds zichtbaar aan de hoofdingang van het begijnhof-. Op diezelfde plaats staat nu een kruisberg met calvarie.

Het begijnhof werd vergroot in 1618 en in 1643. De Heilige Kruiskerk is opgetrokken in een barokke stijl en werd gebouwd tussen 1662 en 1665.

Aan het hoofd van een begijnhof stond de Grootjuffrouw, zij werd door stemming verkozen. Een van de Grootjuffrouwen was Octavia Van Genechten.

In 1998 plaatste Unesco het begijnhof op de lijst van Cultureel Werelderfgoed. Het begijnhof is een plaats van rust ver weg van alle drukte in de stad. De laatste Begijn was Grootjuffrouw De Boer, ze stierf in 2002 en ligt op het Begijnhof begraven.